Založen byl roku 1878 jako St. Domingos FC. Svůj dosavadní název, Everton FC, získal dva roky poté.

Svůj první Ligový titul získal Everton v sezóně 1890/1891. Další úspěch, kterým byl zisk FA Cupu, přišel v roce 1906.

Everton se vrátil do popředí po angažování útočníka Dixieho Deana, který je považován za jednoho s nejlepší střelců, kteří kdy v Anglii nastupovali. Dodnes drží rekord v počtu vstřelených gólů za sezónu, který činí 60 zásahů v 39 zápasech. Za jeho období vyhrál Everton 3x First Divsion, 2x Charity Shield a FA Cup.

2. světová válka bohužel zastavila rozjetý Everton, který se po válce nedokázal vrátit zpět do vítězné formy.

V 60. letech se Everton opět pozvedl, když do svých služeb angažoval Harryho Cattericka. Pod jeho vedením "The Toffies" dokázali 2x vyhrát First division, 2x Charity Shield a FA Cup.

80. léta započala další slavnou éru Evertonu. Manažer Howard Kendall tým pozvedl a vyhrál první "double" i Pohár vítězů pohárů. Očekávalo se, že "The Toffies" budou i nadále vyhrávat trofeje jak na ostrovech, tak i na evropské půdě. Bohužel kvůli incidentu na stadionu Heysel z roku 1985 se tak nestalo, protože anglické týmy měly na 5 let zákaz hraní v evropských pohárech.

Do příchodu Davida Moyese v roce 2002 byl Everton velmi podprůměrným týmem, který končil v druhé polovině tabulky. V témže roce se také objevil Wayne Rooney a týmu se začalo pomalu dařit víc a víc. Sezóna 2003/2004 byla sice velkým neúspěchem, když Everton skončil jednu příčku od sestupu a prodal Rooneyho, ale hned další rok na to získali "The Toffies" senzační 4. místo, což byl nejlepší výsledek za posledních bezmála 20 let. Od té doby Everton pravidelně končí v horní půlce tabulky a bojuje o postup do Evropských pohárů.

Za Everton nastupovali hráči jako Dixie Dean, Tommy Lawton, Bobby Collins, Howard Kendall, Neville Southall, Kevin Ratcliffe, Alan Ball, Gary Lineker, Wayne Rooney, Paul Gascoigne, Tim Howard, Leighton Baines, Tim Cahill, Phil Jagielka nebo Gareth Barry.

Jedinou českou stopu v klubu zanechal brankář Jindřich Staněk.